Сфера применения подобных технологий
Сфера применения подобных технологий исключительно широка. В частности, данный методический арсенал уже позволил разработать новые принципы классификации злокачественных новообразований и установить ранее неизвестные прогностические группы опухолей человека. Однако потенциальный круг проблем, в решении которых microarrays могут оказать неоценимую помощь, далеко не исчерпывается онкологией. Несомненно, может быть получена важная новая информация, касающаяся влияния лекарств и факторов окружающей среды на спектр экспрессируемых генов.
Несмотря на то, что технологии microarrays разработаны сравнительно недавно, они становятся незаменимым орудием познания сложнейшего процесса регуляции генной активности как в норме, так и при самых разнообразных патологических состояниях.
Остановимся подробнее на механизмах
Остановимся подробнее на механизмах, согласно которым высокая предрасположенность к определённым типам опухолей зачастую передаётся от родителям к потомству. Причина заключается в существовании так называемых рецессивных онкогенов. Если в соматической клетке повреждён лишь один аллель подобного гена, то клетка остаётся фенотипически нормальной. Однако если мутиро- ваны и материнская, и отцовская копии, то клетка приобретает некоторые черты злокачественной трансформации. Теперь представим, что мутация одного из аллелей рецессивного онкогена передана пациенту через гаметы. Тогда все его соматические клетки будут иметь лишь одну «здоровую» копию. Достаточно повреждения оставшегося интактного аллеля лишь в одной из миллионов клеток органа-мишени, и возникнет клон с потенциями к злокачественному росту (рис. 9). Существенно, что если на уровне клетки подобные нарушения носят рецессивный характер — опасно лишь повреждение обоих аллелей, то на уровне организмов наследование происходит по доминантному типу. Носительство зародышевых раковых мутаций бывает лишь гетерозиготным — по-видимому, аналогичные гомозиготные состояния несовместимы с нормальным развитием эмбриона [Имянитов Е.Н. и др., 1993; Knudson A.G. Jr., 1989; Caldas С., Ponder B.A.J., 1997; Quesnel S., Malkin D., 1997].
Из подобной схемы вытекают основные клинико-генетические характеристики наследственных опухолевых синдромов: 1) доминантный тип наследования (гетерозиготы, т. е. лица с врождённым поражением лишь одного из двух аллелей антионкогена, являются «больными»); 2) исключительно высокая встречаемость онкологической патологии среди кровных родственников больного (это редкий пример заболевания, при котором доминантность признака сочетается с высокими шансами дожить до детородного возраста, а также нормальной фертильностью; следовательно, риск новообразования легко передаётся из поколения в поколение); 3) необычно ранний возраст появления неоплазм (достаточно мутации всего в одном аллеле антионкогена, а не в двух, поэтому полная функциональная инактивация последнего у носителей случается намного быстрее, чем у здоровых); 4) множественность опухолей (больше шансов, что блокировка супрессорного гена произойдёт в двух независимых клеточных клонах) [Caldas С., Ponder B.A.J., 1997; Quesnel S., Malkin D., 1997].
Периферические Т-клеточные лимфомы
Периферические Т-клеточные лимфомы включают несколько различных опухолей, отличающихся по их естественной истории от В-кле- точных лимфом. Наиболее распространенной среди всех HJI является крупноклеточная В-лимфома (33%), далее следует В-клеточная фолликулярная лимфома (22%), остальные типы опухолей встречаются с частотой менее 10% [A clinical evaluation of the International Lymphoma Study Group classification of non-Hodgkin's lymphoma. The Non-Hodgkin's Lymphoma Classification Project, 1997]. Для точной классификации лимфом и установления диагноза необходимо применять комплексный алгоритм, включающий морфологическое исследование, анализ экспрессии генов и определение фракции пролиферирующих клеток [Harris et al., 2001].
Стадирование HJT также осуществляется согласно выработанной системе, которая была принята в 1971 г. [Carbone et al., 1971]. Основной идеей данной классификации служит четкое дифференцирование локализованного (стадии 1 и 2) и диссеминированного роста опухолей (стадии 3 и 4). Однако применяющиеся принципы классификации не учитывают некоторых существенных факторов, в частности таких, как вовлеченность костного мозга и ЦНС.
Прогностические факторы HJI изучались в ходе специального международного проекта, в результате которого был выработан международный прогностический индекс [A predictive model for aggressive non-Hodgkin's lymphoma. The International Non-Hodgkin's Lymphoma Prognostic Factors Project. 1993]. Плохой прогноз ассоциирован с такими показателями, как возраст пациента старше 60 лет, плохое общее состояние, диссеминация процесса, размер опухоли более 10 см, вовлечение костного мозга, определённые морфологические особенности опухоли и т. д. Несомненно, в будущем можно ожидать появления новых биологических прогностических факторов, основанных прежде всего на совершенствовании подходов к изучению «экспрессионных» портретов опухолей [Shipp et al., 2002].
ДНК-диагностика в профилактике и ранней диагностике опухолей
Залогом успешного лечения новообразований является их своевременная диагностика. Существующие методы клинического скрининга обладают вполне достаточной эффективностью; однако по целому ряду причин их регулярное использование в полном масштабе (т. е. на всей человеческой популяции) представляется весьма затруднительным. Концентрация диагностических мероприятий на так называемых группах онкологического риска признаётся разумным компромиссом, обеспечивающим сфокусированность превентивных усилий именно на тех индивидуумах, которые в них больше всего нуждаются. Поэтому разработка научно-обоснованных подходов к формированию подобных групп представляется исключительно важной задачей.
Классическим примером онкологической предрасположенности является контакт с вредными факторами окружающей среды (курение, неправильное питание, производственные вредности и т. д.) [Худолей, 1999]. Молекулярно-генетические исследования позволили выделить ещё как минимум три «новых» категории факторов риска: хроническое носительство онкоспецифических вирусов, присутствие наследственных «раковых» мутаций и неблагоприятное сочетание аллелей некоторых полиморфных генов.
Перспективные разработки
За последние годы появились перспективные разработки в области высокочувствительной детекции белков, поэтому исследования молекулярных маркеров рака в настоящее время включают не только геномные, но и протеомные подходы. Тем не менее существующие методики пока не удовлетворяют требованиям современной медицины вследствие неприемлемо высокой частоты ложно-положительных и ложноотрицательных результатов. Таким образом «маркерная» диагностика злокачественных процессов пока относится лишь к области перспектив и в своём настоящем виде не может служить в качестве самостоятельного метода детекции новообразований [Sidransky, 2002].
КДНК-эррейз
Метод «кДНК-эррейз» основан на иммобилизации на подложках множества коротких отрезков односпиральной ДНК, [Khrapko et al., 1989]. Как cDNA-arrays [Lockhart and Winzeler, 2000], так и серийный анализ экспрессии генов (SAGE) [Velculescu et al., 2000] способны одновременно определить экспрессию большого числа генов в клеточной популяции, например, в конкретном образце опухоли. Тысячи образцов кДНК или олигонуклеотидов автоматически наносятся на твердую основу в упорядоченном виде, или же олигонуклеотиды синтезируются непосредственно на матрице [Lipshutz, Fodor, 1999]. Эти прикрепленные к матрице ДНК, соответствующие множеству генов, называют пробами. С целью определения представительства генов из анализируемого образца ткани выделяют тотальную РНК и синтезируют кДНК в реакции обратной транскрипции. В ходе данной реакции кДНК метят с помощью флуоресцентного красителя или радиоактивного изотопа и получают так называемые мишени (targets). Мишени затем гибридизуют с пробами на микрочипах. После детекции сигналов с помощью лазерного сканера профили экспрессии подвергают математическому анализу [Zhang et al., 2001].
Генетические механизмы метастазирования
Способность к метастазированию является основным свойством афессивности РПЖ. Генетический контроль метастазирования осуществляется посредством усиленной экспрессии специфических генов, способствующих приобретению опухолью метастатического фенотипа. Проведены масштабные исследования, направленные на выявление кандидатных генов, ответственных за прогрессию РПЖ. В частности, получены данные об ассоциации между экспрессией некоторых генов и приобретением клетками метастатического фенотипа. Одним из таких примеров является ген F24, характеризующийся исключительно высоким уровнем экспрессии в клетках злокачественных линий РПЖ (PC-34D-195) и не эксп- рессирующийся в линии нормальных клеток (PNT-2) [Foster et al., 1999]. Наряду с этим, на хромосоме llpl 1.2 открыт ген небольшого размера КА11, обладающий специфической активностью в отношении метастазирования. Еще один ген, предположительно ассоциированный с процессом метастазирования, был обнаружен на хромосоме 1 [Foster etal., 1999].
Кроме сказанного, обращает внимание тот факт, что в клетках карциномы простаты обнаруживаются существенные изменения функциональной активности Na+ и К+-ионных каналов, что оказывает существенное влияние на поведение клеток. Следовательно, экспрессия белков ионных каналов представляет собой новый тип маркеров метастазирования РПЖ, а возможно, и других опухолей [Foster etal., 1999]. Не исключено, что ионные каналы, которые уже используются в качестве мишени при лечении некоторых заболеваний (инсульт, гипертония и др.), приобретут терапевтическое значение и при РПЖ.
Молекулярная генетика
Универсальной чертой герминогенных опухолей является увеличение копийности генетического материала, расположенного на коротком плече хромосомы 12. Это событие ассоциировано с увеличением представленности продуктов целого ряда генов, расположенных на хромосоме 12р, однако до сих пор остаётся неясным, активация какого именно гена является центральным событием для канцерогенеза. Помимо этого, в опухолях I типа часто наблюдается увеличение копийности lq и 20q, а также утрата хромосом 1р, 4 и 6q. Характерными нарушениями для новообразований второго типа являются увеличение копийности хромосом 7,8, 21 и X, в то время как утраты генетического материала затрагивают хромосомы 1 р, 11, 13 и 18. Сперматоцитные семиномы, в отличие от всех других герминогенных опухолей, не содержат повреждений хромосомы 12, а отличаются появлением экстра-копий хромосомы 9 [von Eyben, 2004; Oosterhuis, Looijenga, 2005].
Ген-супрессор p53 в герминогенных опухолях мутирован редко (менее 10%), что объясняет их чувствительность к апоптозу, и, следовательно, к химиотерапевтическим воздействиям [Jones, Vasey, 2003].
ДНК-диагностика в лечении и мониторинге онкологических пациентов
Исторически первым полигоном по внедрению молекулярно-ге- нетических подходов стала клиника лейкозов. В частности, молеку- лярно-цитогенетические и ПЦР-методы определения специфических транслокаций стали рутинно применяться уже в начале 90-х гг. XX века. Существенно, что разработанная за последние 15 лет классификация так называемых характерных транслокаций стала «золотым стандартом» онкогематологии, и не только дополнила, но в определённой мере даже вытеснилатрадиционные, цитологические подходы к уточненной диагностике лейкемий [Sen et al., 2002].
Идеология молекулярного портрета солидных опухолей разработана несколько хуже, в связи с большей генетической гетерогенностью последних. Тем не менее некоторые ДНК-тесты уже включены в состав повседневных диагностических процедур и имеют ничуть не меньшее значение, чем морфологическое исследование опухолевого материала. Например, статус онкогена NMYC (единичная копия или амплификация) учитывается при определении стадии заболевания у больных нейробластомой. Диагноз рака молочной железы в современных клиниках сопровождается анализом активации гена ERBB2/HER2. Многие госпитали рутинно осуществляют тест на микросателлитную нестабильность при классифицировании новообразований толстой кишки (Tsuchida et al., 1996; Хансон, Имянитов, 2002; Muller, Fishel, 2002].
Сравнительный анализ профилей
Сравнительный анализ профилей экспрессии генов в образцах, взятых из разных участков опухоли, открывает перспективы для более тонкого и углубленного понимания механизмов прогрессии злокачественных новообразований. Cole и соавт. (1999) на основании такого рода данных предложили трехмерную модель экспрессии генов в разных участках индивидуальной опухоли. Данная модель позволяет идентифицировать те ключевые гены, от экспрессии которых зависит переход от морфологически выявленных предраковых изменений к истинно инвазивному росту опухоли.
Большой интерес представляют попытки описания так называемого молекулярного портрета опухолей отдельных локализаций и поиски его корреляций с клиническими параметрами злокачественных новообразований. Например, на основании клинических и гистологических данных описаны два субтипа рака эндометрия (РЭ) [Deligdisch, Holinka, 1987]. Тип I РЭ относится гистологически к вы- сокодифференцированным эндометриоидам. Пациенты, страдающие РЭ первого типа имеют относительно благоприятный прогноз. В противоположность этому, тип II РЭ относится гистологически к недифференцированным неэндометриоидным опухолям и характеризуется ранним метастазированием и агрессивным течением заболевания.
Опубликованы результаты cDNA arrays анализа указанных двух типов РЭ [Risinger et al., 2003]. Авторы работы исследовали профиль экспрессии в 19 эндометриоидных раках, 16 неэндометриоидных опухолях и 7 образцах нормального эндометрия. При этом обнаружен 191 ген, экспрессия которого различается более чем двукратно между РЭ I и II типов. Кроме того, было установлено, что оба типа опухолей отличаются по характеру экспрессии генов от нормальной ткани эндометрия.
Свежие комментарии